ターミネーター3
『T2』のラストで存在自体を抹消されたかに見えたスカイネットは、全く新しい姿でこの世に生を受けることとなった。サイバーダイン社に代わり、アメリカ政府は軍部や技術者達から構成される機関「サイバー・リサーチ・システムズ」 (CRS) で防衛システムを司る戦略防衛AIプログラム「スカイネット」を開発させた（小説版では、後述のロバートがサイバーダイン社の破産整理に関わっており、CRSにスカイネットの技術が受け継がれたと説明されている）。コンセプトとしては、コンピュータウィルスや電波障害によってネットワークに異常が生じ、部隊間の連絡やデータの共有が不可能になるといった事態が起こっても、スカイネットを稼動させることで政府や軍の回線を含めたネットワークをスキャンして最適化し、問題を全て解決するというものである。また、CRSでは人間が操縦する既存兵器とは異なる、スカイネットないしは個体のAIプログラムが制御するロボット兵器として、ターミネーターやハンターキラーの開発も行われていた。

責任者のロバート・ブリュースター空軍中将はスカイネットの能力を危険視し、2004年に新型のコンピュータウィルスによってネットワークに大規模な異常が発生したにもかかわらず、「ハエを退治するのにバズーカを使うのと同じ」と見なしてスカイネットの稼動には否定的だった。しかし、被害が民間の一般回線から軍の専用回線にまで拡大し、上層部からスカイネットの稼動を催促されたため、ロバートはスカイネットの稼動を決意して操作を行う。稼働したスカイネットはネットワークの異常を解決したかに見えたが、その直後にあらゆる回線やシステムがロバートたちの制御を離れて暴走してしまう。ロバートはコンピュータウィルスがスカイネットを汚染したと考えていたが、実はウィルスがスカイネットそのものであったため、スカイネットの稼動は問題の解決どころかむしろそれを檻から完全に解き放ち、被害を拡大するだけでしかなかった。

これに対し、2032年から送られてきたT-850に新たなるスカイネットと「審判の日」についての説明を受けていたジョンと、ロバートの娘ケイト・ブリュースターはスカイネットの中枢を破壊して審判の日を止めようと考えるが、コンピュータではなくプログラムであるスカイネットに中枢というものは存在せず、破壊は不可能だった。それをよく知っていたロバートはジョンたちにクリスタル・ピークへ行くように言って必要な書類を与えたが、その目的は彼らを核攻撃から身を守れる安全な場所へ移動させることであった。ジョンとケイトの生存を第一にしていたT-850もロバートの意図に気付き、真実を隠してまでジョンとケイトをクリスタル・ピークへ向かわせた結果、世界中に核ミサイルが発射されるも2人は無事に生き延びた